Алекс Мерсер очнулся в заплеванной подворотне, в голове никаких воспоминаний, а из руки растут смертельные шипы. Он не знает кто он, почему за ним ведут охоту военные и кто виноват в том, что он превратился в жуткого монстра. Город вокруг него стремительно превращается в кишащий мутировавшими тварями ад, а ему предстоит найти ответу на все свои вопросы.

Prototype дарит вам уникальную свободу действий и дает контроль над самым крутым мутантом, когда-либо появляющимся в компьютерных играх. По ходу дела Мерсер развивает свои способности, так что к концу игры умеет вытворять страшные фокусы, выпуская из тела смертельные щупальца или превращаясь в бронированную тварь с клинком в руке. Действие разворачивается в огромном городе, а вы можете делать, что душе угодно: продвигаться по сюжету, выполнять интересные дополнительные задания или просто побегать по городу, ввязываясь в сражения с солдатами и монстрами.